近几年来，保护大运河、保护历史文化遗产，逐渐成为了全社会的共识。许多城市已为此作了许多工作，取得了相当成效。国家非但在2006年把大运河公布为全国重点文物保护单位，而且把京杭大运河列为世界历史文化遗产的中国第一号申报项目，还为此发表了包括所有运河沿线城市在内的《市长宣言》。
由于城市规划的重点和角度的不同，也由于理解程度和认识水平的不同，各地对大运河保护的做法和效果也不尽相同。为此，在专业人士和相当范围内引起了很大的争议，出现了较大的分歧。
一部分专家认为：必须体现大运河文化遗产的原真性和完整性，必须按原貌进行修复，严格实施保护。同时，必须使周边环境与大运河相协调，不但要恢复古镇、古桥、古建筑、古渡口、古码头，而且要保护和保持原有的社会生活状态。这些专家激烈抨击近年来部分城市对运河的整治和美化，他们认为修建整齐划一的堤岸，安装配以灯光的护栏，沿岸建造公园式的园林绿地，使大运河的历史完整性和原有风貌丧失殆尽。
另一部分专家则认为：大运河和其他文物古迹有着根本不同，大运河是活着的流动的文化遗产，由于交通、运输、水利的各种需求，运河需要不断地完善和改造，需要不断的清淤、修浚、加深、拓宽、加固，必要时甚至还需要改道，这恰巧说明大运河仍然是活的，是有强盛的生命力的。运河的本质就是一个“运”字，无运不成运河，因此，必须不断增强大运河的现实功能，不断提高大运河在经济社会发展中的地位和作用，这才是真正意义上的保护和传扬大运河。为此，要全面开发大运河的航运、旅游、生态、水利等功能。
我们认为，两种意见都有非常合理的部分。我们应该统筹兼顾，历史的、辩证的处理好大运河保护和利用的关系。
大运河和万里长城一样，是中华民族宝贵的历史文化遗产，是经过2508年历史积淀而形成的，一旦损坏或毁灭，将永难再现，不可逆转。因此，“保护”是第一位的，这一点无可置疑，不能动摇。
对运河两岸历尽沧桑的古桥、古码头、古街区、古建筑、古遗址以及民俗文化等非物质文化遗产，必须采取抢救性的保护措施，决不能在我们的手里消失殆尽。
